Вот помните я до этого описывал добавление собственных звуков в тему оформления?
Ну так пора б вроде и обновить мануал.
- открываем рутовую консоль;
- копируем свой ogg файл в /usr/share/sounds/gnome/default/alerts/
- по примеру редактируем /usr/share/gnome-control-center/sounds/gnome-sounds-default.xml
- открываем параметры звука и ставим наш.
Профит!